Yeni koronavirüsün en az 8 suşu (genetik olarak özelleşmiş alttür) dünya genelinde yayılmaya devam ederken, arkasında pek çok ölüm ve hastalık bırakıyor ve bilim insanları bu izleri inceleyerek virüslerin genetik yapılarını ve soyağacını ortaya çıkarmaya çalışıyor.
Her ne kadar pek çoğu bilinmezliğini korusa da, bu virüslerin özgün mikroskobik parçalarında, yayılmaya başlayan ilk suşun ipuçları, virüsün mutasyona uğrarken nasıl davrandığı ve hangi suşların ciddi sonuçlara neden olurken diğerlerinin karantina önlemleriyle yok olduğu gizli.
Stuff’ın haberine göre dünyanın farklı yerlerindeki laboratuvarlarda bilim insanları şu anda bir hedefe odaklanmış durumda: Kovid-19 hastalığına neden olan SARS-CoV-2 virüsünün mevcut suşlarının izini sürmek.
Laboratuvarların, ortalama bir masaüstü yazıcı büyüklüğündeki dizileme makinelerini, Kovid-19 hastalarından alınan numunelerden virüsün genom dizilemesini hızla çıkarma görevine ayarlanmış olduğu aktarılıyor. Elde edilen veriler NextStrain.org internet sitesine aktarılıyor ve bu veriler sayesinde virüsün nasıl değiştiği, benzer olsa da genetik açıdan farklı alttürlere nasıl bölündüğünü gösteriyor.
Araştırmacılar, buzdağının sadece görünen yüzüne baktıkları konusunda uyarıda bulunsa da, virüsün suşları arasındaki farklılıklar bazı bölgelerde alınan önlemlerin işe yaradığını ve hiçbir suşun bir diğerinden daha ölümcül olmadığına işaret ediyor. Araştırmacılar virüslerin evrimleştikçe daha ölümcül olduğunun görünmediğini belirtiyor.
Kaliforniya Üniversitesi San Francisco Tıp Fakültesi’nde tıp ve bulaşıcı hastalık uzmanı Prof. Charles Chiu, “Virüs çok yavaş mutasyona uğradığı için suşları esasen birbirine çok benziyor” dedi.
SARS-CoV-2 virüsü kasım ve aralıkta ilk kez Çin’de hastalıklara neden olmaya başlamıştı. Virüsün genomunun yaklaşık 30 bin baz çiftinden (birbirine ters doğrultuda iki DNA veya RNA zinciri üzerinde bulunan, birbirine hidrojen bağları ile bağlanmış iki nükleobazdır) oluştuğu belirtilmişti. Öte yandan insanlar 3 milyardan fazla baz çiftine sahip. Şu ana kadar bilim insanları virüsün en farklı suşlarında dahi sadece 11 baz çifti değişikliği tespit etti.
Chiu, virüsün bu özelliğinin evrimleştikçe geçirdiği farklılıkların tespit edilmesini kolaylaştırdığını belirtti.
“Salgınların izi sürülebilir. Hangi suşların dolaşımda olduğunu görmek için neredeyse gerçek zamanlı genom dizileme gerçekleştirme kabiliyetine sahibiz.”
Örneğin, ABD’nin Batı Yakası’nda şu ana kadar pek çok vakanın Washington eyaletinde ortaya çıkan ilk suşla ilintili olduğu ifade ediliyor. Bu suşun da virüsün ilk merkezi, Çin’in Vuhan kentinde bulunan ve 15 Şubat’ta evine dönen bir kişiden yayılmış olabileceği belirtiliyor.
Seattle’da bulunan tıbbi araştırma merkezi Fred Hutch’ta işlemsel biyolog Trevor Bedford, salgının erken döneminde yapılan çalışmalara dayanarak, Vuhan’da ortaya çıkan ilk suştan sonra sadece üç suşun oluştuğunu belirtiyor.
Öte yandan Chiu, Doğu Yakası’nda Washington’da görülen ve Çin’den Avrupa’ya geçmiş olabilecek suşların da dahil olduğu birçok suşun tespit edildiğini belirtiyor.
NextStrain’de yer alan verilerde şu ana kadar 6 kıtadan 36 farklı ülkede elde edilen suşların genetik dizilemesinin bulunduğu ifade ediliyor.
Kaliforniya’daki Scripps Research bilimsel araştırma tesisinde çalışma yürüten Prof. Kristian Andersen, virüsün haritasının incelenmesinin eğlenceli olduğunu fakat bunun “bir miktar tehlikeli” olabileceğini söylüyor. Andersen’e göre virüsün evrimini gösteren ağaçlar karmaşık ve uzmanlar için dahi bu verileri kullanarak bir takım sonuçlara ulaşmak zor.
Andersen, “Unutmayın, çok geniş bir pandeminin sadece küçük bir kısmına bakıyoruz. Şu anda yarım milyon tanımlanmış vaka mevcut fakat yaklaşık bin genom dizilendi. Bu yüzden soyağacında eksik kalan çok fazla parça var” ifadelerini kullandı.
Chiu, araştırmalarının sıkı tedbirlerin işe yaradığını gösterdiğini belirtiyor. San Francisco merkezli laboratuvarda geçen iki haftada dizilemesi gerçekleştirilen 50 SARS-CoV-2 virüs genomunun yarısından fazlası eyaletin dışından yapılan yolculuklarla ilintili. Geri kalan yüzde 30’sa sağlık çalışanlarıyla ve virüsün bulaştığı kişilerin aileleriyle ilintili.
Chiu, “Sadece yüzde 20 topluluk içinden geliyor. Virüs yaygın biçimde dolaşmıyor” dedi.
Chiu ayrıca elde edilen verilerin salgının durdurulabileceğine işaret ettiğini ifade ediyor.
Well deserved @wellcometrust #OpenSciencePrize for @trvrb / @richardneher with their https://t.co/ycLCoFyatD. Cool new features on website! pic.twitter.com/v9HQSFGlIy
— Kristian G. Andersen (@K_G_Andersen) February 28, 2017
